Enzim yapısı, biyokimyasal reaksiyonların hızını artıran protein yapısındaki biyomoleküllerden oluşur. Enzimlerin yapısı, proteinlerin yanı sıra genler tarafından da şifrelenmektedir. Genel olarak, enzimler iki ana kısımdan oluşur: apoenzim ve koenzim. Apoenzim, enzimin protein kısmını oluştururken, koenzim ise genellikle vitaminlerden oluşan ve apoenzime bağlanan küçük organik moleküllerdir.

Enzim yapısında bulunan vitaminler arasında A, D, E, C ve B vitaminleri yer almaktadır. Apoenzim, enzimin hangi substrata etki edeceğini belirlerken, koenzimler daha küçük moleküllerden ve organik bileşiklerden meydana gelir. Koenzimler, aynı zamanda inorganik fosfatlarla da birleşebilir. Enzimlerin yapısında bulunan bu bileşenler, hücre içi çeşitli yapılarla etkileşime girer ve kimyasal reaksiyonların hızını artırır.

Enzimlerin yapısında proteinler bulunur ve bu proteinler, hücredeki metabolik yolların düzenlenmesinde önemli rol oynar. Koenzimler ve apoenzimler ayrı ayrı etkinlik gösteremezler ve birlikte çalışarak enzimin işlevini yerine getirirler. Bazı enzimlerin etkinliği, metal iyonları gibi ek bileşenler tarafından artırılabilir. Örneğin, bazı enzimler Mg++ iyonu eklenerek glikozu laktik aside dönüştürebilir veya tükürükteki amilaz enzimi, Cl- iyonlarının varlığında nişastayı parçalayabilir.

Enzim yapısı, kimyasal reaksiyonların enerjisini düşürerek tepkime hızını artırır. Enzimler, tepkimeye girdikleri gibi çıkarlar ve yapılarında veya miktarlarında bir değişiklik olmaz. Her enzim, yapısı itibariyle yalnızca belirli bir substrata etki eder ve bu substratla etkileşime giren enzim bölgesi aktif bölge olarak adlandırılır. Enzimler, canlı ve cansız tüm organizmalarda etkin bir yapıdadır.